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[1] 구 부가가치세법 제26조 제1항 제5호, 구 부가가치세법 시행령 제35조 제1호의 규정에 따라 부가가치세가 면제되는 의료보건 용역의 의미(=의료법에 따른 의사 등이 공급의 주체가 되어 의료법의 규정에 따라 제공하는 의료보건 용역) 및 의료법에 따른 의사 등이 아닌 사람이 의료법에 따른 의사 등을 고용하여 제공하는 의료보건 용역이 이에 해당하는지 여부(소극)

[2] 구 국민건강보험법 제57조 제1항의 입법 취지 및 위 조항에 따른 부당이득징수처분이 재량행위인지 여부(적극) / 의료법에 따른 의사 등이 아닌 사람이 의료법에 따른 의사 등을 고용하여 제공한 의료보건 용역에 관하여 국민건강보험공단으로부터 이미 지급받은 요양급여비용에 대해 부당이득징수처분이 이루어진 경우, 해당 요양급여비용을 부가가치세 과세표준에서 제외할 수 있는지 여부(원칙적 소극) 및 이는 해당 부당이득징수금이 실제로 납부되었다고 하더라도 마찬가지인지 여부(적극)

[3] 국세기본법 제14조 제1항에서 규정하는 실질과세 원칙의 의미 / 재산의 귀속명의자가 아닌 그 재산을 실질적으로 지배ㆍ관리하는 사람이 납세의무자로 되는 경우

[4] 구 국세기본법 제26조의2 제1항의 입법 취지 및 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호의 ‘사기나 그 밖의 부정한 행위’의 의미

[1] 구 부가가치세법(2018. 12. 31. 법률 제16101호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제26조 제1항 제5호, 부가가치세법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29535호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제35조, 구 의료법(2020. 3. 4. 법률 제17069호로 개정되기 전의 것) 제33조 제2항, 제87조의 문언 내용과 취지 및 체계 등에 비추어 보면, 구 부가가치세법 제26조 제1항 제5호, 구 부가가치세법 시행령 제35조 제1호의 규정에 따라 부가가치세가 면제되는 의료보건 용역은 의료법에 따른 의사 등이 공급의 주체가 되어 의료법의 규정에 따라 제공하는 의료보건 용역을 의미한다고 봄이 타당하다. 따라서 의료법에 따른 의사 등이 아닌 사람이 의료법에 따른 의사 등을 고용하여 제공하는 의료보건 용역은 구 부가가치세법 제26조 제1항 제5호, 구 부가가치세법 시행령 제35조 제1호가 규정한 부가가치세 면제 대상인 ‘의료법에 따른 의사 등이 제공하는 용역’에 해당하지 아니한다.

[2] 구 국민건강보험법(2020. 12. 29. 법률 제17772호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제57조 제1항은 "공단은 속임수나 그 밖의 부당한 방법으로 보험급여를 받은 사람이나 보험급여 비용을 받은 요양기관에 대하여 그 보험급여나 보험급여비용에 상당하는 금액의 전부 또는 일부를 징수한다."라고 규정하여 그 문언상 일부 징수가 가능함을 명시하고 있다. 위 조항은 요양기관이 부당한 방법으로 급여비용을 지급청구하는 것을 방지함으로써 바람직한 급여체계의 유지를 통한 건강보험 및 의료급여 재정의 건전성을 확보하려는 데 입법 취지가 있으나, 요양기관으로서는 부당이득징수로 인하여 이미 실시한 요양급여에 대하여 그 비용을 상환받지 못하는 결과가 되어 그 침익적 성격이 큰 점 등을 고려하면, 구 국민건강보험법 제57조 제1항에 따른 부당이득징수처분은 재량행위에 해당한다고 봄이 타당하다.

나아가 앞서 본 구 국민건강보험법 제57조 제1항에 따른 부당이득징수처분의 입법 취지와 법적 성격 등에 비추어 보면, 의료법에 따른 의사 등이 아닌 사람이 의료법에 따른 의사 등을 고용하여 제공한 의료보건 용역에 관하여 국민건강보험공단으로부터 이미 지급받은 요양급여비용에 대해 부당이득징수처분이 이루어지더라도 특별한 사정이 없는 한 해당 요양급여비용을 부가가치세 과세표준에서 제외할 수 없다고 보아야 하고, 이는 해당 부당이득징수금이 실제로 납부되었다고 하더라도 마찬가지이다. 구 국민건강보험법 제57조 제1항에 따른 부당이득징수처분은 당초의 의료보건 용역 공급 거래 이후에 별도로 이루어지는 제재처분으로서 국민건강보험공단의 재량에 의해 그 징수금액이 결정될 뿐 아니라, 위 처분 자체는 물론이고 그에 따른 부당이득징수금의 납부로 인하여 부가가치세 과세대상인 ‘의료보건 용역 공급 거래’의 효력이 소급적으로 상실되거나 그 공급가액이 감축된다고 평가할 수는 없기 때문이다.

[3] 국세기본법 제14조 제1항에서 규정하는 실질과세의 원칙은 소득이나 수익, 재산, 거래 등의 과세대상에 관하여 그 귀속명의와 달리 실질적으로 귀속되는 사람이 따로 있는 경우에는 형식이나 외관을 이유로 그 귀속명의자를 납세의무자로 삼지 아니하고 실질적으로 귀속되는 사람을 납세의무자로 삼겠다는 것이다. 따라서 재산의 귀속명의자는 이를 지배ㆍ관리할 능력이 없고, 그 명의자에 대한 지배권 등을 통하여 실질적으로 이를 지배ㆍ관리하는 사람이 따로 있으며, 그와 같은 명의와 실질의 괴리가 조세를 회피할 목적에서 비롯된 경우에는, 그 재산에 관한 소득은 그 재산을 실질적으로 지배ㆍ관리하는 사람에게 귀속된 것으로 보아 그를 납세의무자로 삼아야 한다.

[4] 구 국세기본법(2019. 12. 31. 법률 제16841호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제26조의2 제1항의 입법 취지는 조세법률관계의 신속한 확정을 위하여 원칙적으로 국세 부과권의 제척기간을 5년으로 하면서도 국세에 관한 과세요건사실의 발견을 곤란하게 하거나 허위의 사실을 작출하는 등의 부정한 행위가 있는 경우에 과세관청으로서는 탈루신고임을 발견하기가 쉽지 아니하여 부과권의 행사를 기대하기가 어려우므로 당해 국세에 대한 부과제척기간을 10년으로 연장하는 데에 있다. 따라서 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호의 ‘사기나 그 밖의 부정한 행위’라 함은 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 위계 기타 부정한 적극적인 행위를 말하고, 다른 어떤 행위를 수반함이 없이 단순히 세법상의 신고를 하지 아니하거나 허위의 신고를 함에 그치는 것은 여기에 해당하지 않는다.